Причины закрыть 1С-ку у нерадивых сотрудников, бросающих открытыми 1С, могут быть разными. Не будем останавливаться на вопросах влияния открытых сессий 1С на производительность системы в целом, на безопасность доступа к информации. Наша задача - по истечении (по таймауту) времени выполнить принудительное завершение процесса 1С.
 Наиболее частый способ решения - использование системной процедуры ОбработчикОжидания() и
 выполнение в нем ЗавершитьРаботуСистемы(Парам) (речь о версии 1С 7.7), где

Парам = 1 - с запросом на сохранение открытых документов

Парам = 0 - без запроса к пользоватедю, просто завершает и всё.

Достаточно создать обработчик ожидания, установить время срабатывания при бездействии пользователя за экраном и по истечении времени выполнить завершение работы программы 1С.

 Проблема может возникнуть, если у пользователя осталось открытым модальное окно, например на запись или проведение, в том числе и при применении таких функций - Вопрос(), Предупреждение().

 Поэтому обязательно нужно заранее проработать конфигурацию и добавить в указанные функции время таймаута, по которому  модальное окно само закроется.
 Более сложная проблема, когда пользователь бросил программу на этапе входа, а точнее - ввода пароля. В этом случае можно воспользоваться сторонними разработками для отслеживания запущенных процессов 1С и в этом случае "убивать" сам процесс.